Hiện nay, tình trạng xâm phạm SHTT đang xảy ra trên mọi lĩnh vực, địa bàn, ở cả khu vực sản xuất, chế biến, lưu thông và xuất nhập khẩu. Tình hình tội phạm sản xuất, buôn bán hàng giả, xâm phạm quyền SHTT ngày càng nhiều thủ đoạn tinh vi nhằm đối phó với các cơ quan chức năng. Thượng tá Nguyễn Hữu Cừ, Cục Cảnh sát kinh tế (Bộ Công an) cho biết, phần lớn hàng giả xâm phạm quyền SHTT đều sản xuất ở nước ngoài, sau đó đưa vào Việt Nam để gắn nhãn, mác giả đã được in bằng kỹ thuật công nghệ cao, rất khó phân biệt. Nhiều đối tượng nhập hàng dưới dạng linh kiện, chi tiết, bao bì rời, sau khi nhập lậu được vào Việt Nam mới lắp ráp, đóng gói và tiêu thụ. Nếu trong quá trình vận chuyển bị bắt giữ thì cơ quan chức năng cũng khó có thể xử lý được, vì không chứng minh được ý thức chủ quan của đối tượng và các mặt hàng mới chỉ là chi tiết, chưa phải là một sản phẩm hoàn chỉnh.
Tính trong sáu tháng đầu năm 2016, các cơ quan chức năng đã tổ chức nhiều đoàn thanh tra, kiểm tra xử lý hàng loạt vụ việc xâm phạm quyền SHTT: Cục Quản lý thị trường phát hiện hơn 1.342 vụ vi phạm, xử phạt hành chính hơn 14 tỷ đồng, trị giá hàng hóa vi phạm hơn 11 tỷ đồng. Thanh tra Bộ Khoa học và Công nghệ đã xử lý hơn 50 vụ việc theo đề nghị của chủ thể quyền và cảnh sát kinh tế… Tuy nhiên, nhiều ý kiến cho rằng, nhìn vào số liệu cho thấy, số lượng các cuộc thanh tra, kiểm tra của các cơ quan chức năng hiện nay vẫn còn quá ít so thực tế. Phó Chánh Thanh tra Bộ Khoa học và Công nghệ Phạm Văn Toàn cho biết, theo quy định, các chủ thể quyền (đơn vị có sản phẩm bị giả mạo) phải có yêu cầu thì các cơ quan chức năng mới có cơ sở để thanh tra. Nếu tiến hành thanh tra các cơ sở, bắt tại chỗ việc thực hiện làm hàng giả, nhưng chủ thể quyền cho phép thì cũng khó có thể xử lý các đối tượng. Theo các chuyên gia, việc thực thi quyền SHTT còn hạn chế là do yếu tố tâm lý từ các chủ thể quyền cho rằng, việc xâm hại gây ra các thiệt hại về kinh tế không đáng kể, mất thời gian để phối hợp cùng các đoàn thanh tra. Điều đáng nói là để xác định, chứng minh thiệt hại thì hầu như các chủ thể quyền không thể chứng minh được mức độ thiệt hại do hành vi xâm phạm gây ra khiến việc khiếu nại, xử lý rất mất thời gian. Bởi thế, hầu hết các đơn vị có yếu tố nước ngoài khi tham gia vào thị trường Việt Nam thường lựa chọn một công ty luật để ủy quyền, xử lý khi phát hiện các hành vi xâm phạm quyền SHTT. Luật sư Lê Xuân Lộc, Công ty Luật T&G cho biết, hiện nay 50% số vụ việc xâm phạm quyền SHTT đang được xử lý bằng biện pháp tự bảo vệ (gửi thư cảnh báo, hòa giải). Khi đối tượng tiếp tục xâm phạm thì phải xử lý bằng biện pháp hành chính, nhưng các chế tài hiện nay còn nhẹ, không đòi được tiền bồi thường, khó xử lý khi các đối tượng vi phạm trốn tránh. Còn để xử lý bằng biện pháp dân sự thì thời gian xử lý lâu, tốn kém, rất khó xin áp dụng biện pháp khẩn cấp tạm thời, tạo điều kiện cho đối tượng tẩu tán tài sản xâm phạm, thay đổi hiện trạng để trốn tránh nghĩa vụ. Bên cạnh đó, hiện cũng chưa có các tòa án chuyên về lĩnh vực SHTT, các thẩm phán thường đòi xác minh tư cách pháp nhân, người đại diện và các thủ tục giấy tờ phức tạp, khiến vụ việc bị kéo dài, chất lượng phán quyết không cao. Ngoài ra, theo các chuyên gia, việc thực thi quyền SHTT ở Việt Nam vẫn còn nhiều hạn chế do các chế tài xử lý vi phạm chưa đủ sức răn đe, chủ yếu vẫn là xử lý hành chính, ít vụ việc bị khởi tố hình sự. Trong khi đó, mức phạt tiền cao nhất cho một hành vi mới chỉ ở mức 500 triệu đồng, khiến nhiều đối tượng do lợi nhuận cao hơn mức phạt, cho nên sẵn sàng chịu đóng phạt để tiếp tục xâm phạm quyền SHTT.
Để tăng hiệu quả cho hoạt động đấu tranh, chống các hành vi xâm phạm quyền SHTT, Chánh Thanh tra Bộ Khoa học và Công nghệ Trần Minh Dũng cho rằng, Việt Nam cần rà soát, sửa đổi các văn bản pháp luật cho phù hợp với thực tiễn. Xây dựng cơ chế phối hợp đồng bộ, hiệu quả giữa các cơ quan thực thi để tiến hành các đợt tổng kiểm tra trên phạm vi rộng. Thông qua các phương tiện truyền thông để người dân hiểu được tác hại của hàng giả, tích cực đấu tranh với các hành vi xâm phạm quyền SHTT, nhất là với những trường hợp vi phạm nghiêm trọng cần được xử lý nghiêm minh để có tác dụng răn đe. Bên cạnh đó, cần tăng cường hợp tác quốc tế, tạo hành lang pháp lý cho các cơ quan chức năng có thể tiến hành hiệu quả công tác đấu tranh phòng, chống vi phạm, tội phạm xâm phạm quyền SHTT.