Theo Nghị định số 54/2016/NĐ-CP, tổ chức khoa học và công nghệ công lập được phân loại theo mức độ tự bảo đảm về chi thường xuyên và chi đầu tư gồm:

1. Tự bảo đảm chi thường xuyên và chi đầu tư;

2. Tự bảo đảm chi thường xuyên;

3. Tự bảo đảm một phần chi thường xuyên; và

4. Tổ chức khoa học và công nghệ công lập do Nhà nước bảo đảm chi thường xuyên.

Nguồn tài chính của tổ chức KH&CN công lập tự bảo đảm chi thường xuyên và chi đầu tư và tổ chức KH&CN công lập tự bảo đảm chi thường xuyên gồm nguồn thu từ hoạt động KH&CN, sản xuất, kinh doanh, liên doanh, liên kết và nguồn thu hợp pháp khác; nguồn thu phí theo pháp luật về phí, lệ phí được để lại để chi hoạt động thường xuyên và chi mua sắm, sửa chữa lớn trang thiết bị, tài sản phục vụ công tác thu phí; nguồn thu từ ngân sách nhà nước nếu được cơ quan có thẩm quyền giao để thực hiện nhiệm vụ KH&CN, nhiệm vụ thường xuyên theo chức năng, dịch vụ sự nghiệp công; nguồn thu từ ngân sách nhà nước để thực hiện các nhiệm vụ không thường xuyên nếu được cơ quan có thẩm quyền giao; nguồn vốn vay, viện trợ, tài trợ theo quy định hiện hành.

Nguồn tài chính đối với tổ chức KH&CN công lập tự bảo đảm một phần chi thường xuyên và tổ chức KH&CN công lập do Nhà nước bảo đảm chi thường xuyên gồm: nguồn thu từ ngân sách nhà nước để thực hiện nhiệm vụ KH&CN, nhiệm vụ thường xuyên theo chức năng, dịch vụ sự nghiệp công; nguồn thu từ ngân sách nhà nước để thực hiện các nhiệm vụ không thường xuyên; nguồn thu phí theo pháp luật về phí, lệ phí được để lại để chi hoạt động thường xuyên và chi mua sắm, sửa chữa lớn trang thiết bị, tài sản phục vụ công tác thu phí; nguồn vốn vay, viện trợ, tài trợ theo quy định hiện hành; nguồn thu từ hoạt động KH&CN, hoạt động sản xuất, kinh doanh, liên doanh, liên kết và nguồn thu khác theo quy định hiện hành.

Nghị định cũng quy định chính sách ưu đãi đối với tổ chức KH&CN công lập. Theo đó, tổ chức KH&CN công lập được hưởng chính sách ưu đãi về thuế theo quy định hiện hành. Cụ thể, tổ chức KH&CN công lập được vận dụng cơ chế tài chính như doanh nghiệp thì được hưởng ưu đãi về thuế suất thuế thu nhập doanh nghiệp và ưu đãi về thời gian miễn thuế, giảm thuế thu nhập doanh nghiệp như đối với doanh nghiệp thành lập mới từ dự án đầu tư thuộc lĩnh vực công nghệ cao, nghiên cứu khoa học và phát triển công nghệ, cụ thể được áp dụng thuế suất 10% trong thời gian 15 năm, được miễn thuế tối đa không quá 4 năm và giảm 50% số thuế phải nộp tối đa không quá 9 năm tiếp theo. Ngoài ra, tổ chức KH&CN công lập còn được hưởng chính sách ưu đãi về tín dụng và các ưu đãi khác theo quy định hiện hành.